PCR实验室可分为试剂准备区、标本制备区、扩增区和产物检测区四个区域，这四个区域在物理空间上必须*相互独立，各区域无论是在空间上还是在使用中，应当始终处于*的分隔状态，不能有空气的直接相通。
所以，临床基因扩增检验实验室的空气流向应按：试剂准备区→标本制备区→扩增区→产物检测区，应时刻防止扩增产物顺空气气流进入扩增前区域。可按照上述顺序区域空气压力递减的方式进行，也可通过安装排风扇、负压排风装置或其他可行方式实现。
临床基因扩增检验实验室的环境清洁：《临床基因扩增实验室工作规范》中有对物表清洁、消毒的要求，不同的实验区域应当有其各自的清洁用具以防止交叉污染。
基本原则：由清洁区向污染区进行，洁具不可交叉。
清洁消毒方向：准备区→标本制备区→扩增区→产物检测区
清洁消毒范围：工作区域的物体表面(含桌、椅)，可使用含氯消毒剂擦拭消毒，空气和工作台面可使用紫外线照射消毒，也可使用空间消毒器进行全环节消毒。
不可使用紫外线消毒器及化学消毒进行有人状态下的消毒。
PCR室内的消毒应防止扬尘（减少人员走动）、杀灭DNA或RNA的基因片段。可选择悬挂紫外线灯管进行空气消毒，试验前照射30-60分钟，实验结束照射30-60分钟，必要时延长照射时间（可照射一夜）。
终末消毒：当出现实验室污染时，应按要求立即撤出相关人员，在无人情况下可使用化学消毒剂进行终末消毒，如熏蒸法：过氧乙酸1g/m⊃3;加热熏蒸（湿度70-90%），密闭24小时；气溶胶喷雾：3%过氧化氢：20mL/m⊃3;气溶胶喷雾；5%过氧乙酸2.5mL/m⊃3;气溶胶喷雾（湿度20-40%）。
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